对于氟化铵中金属离子的提纯，比较有效的方法是对反应物进行净化，以减少杂质的带入。薛循育等提出将原料氟化氢气体通过 、KF 的洗涤液除去气体中的 、金属离子和氟硅酸离子 ；将工业级的氨气通过 KMnO4、 的纯水洗涤瓶 ，除去还原性杂质和金属离子，然后将净化的原料通入反应器，最终制得的氟化铵纯度达到电子工业应用的要求。 [6]
针对氟化铵中杂质硅含量高的问题，中国吴海锋等做过深入研究，发现最佳除硅 pH 为8.5~9.5；过稀的氟化铵除硅不理想，氟质量浓度在 200 g/L 较好。隋岩峰等报道了一种提纯氟化铵的方法：向一定质量浓度的氟化铵粗产品中加入氨水或是液氨以除去未反应的（NH4）2SiF6杂质，再向其加入Ba（OH）2除去溶液中的硫酸根离子和未除净的氟硅酸根离子，过滤后经真空、、等处理后得到的氟化铵产品符合电子工业及医药行业的要求